Credo che sar� difficile salvare capre e cavoli senza rinunciare al caff� con gli amici al bar, ammesso che il feeder ti attivi la scansione in automatico.
Io direi prima di provare con una e poi con pi� dia. Solo dopo che vedi con i tuoi occhi come funziona il tutto, potrai fare la scelta giusta.
Ti confesso che non uso Photoshop

perch� ho una idiosincrasia per "monopoli e similaria", specie quando sin dalle prime versioni non mi son mai piaciute n� interfaccia grafica, n� prestazioni.

Generalmente uso uno specifico programma per ogni specifica elaborazione o gi� di l�. Per i noiosi software da portfolio � solo questione di gusti personali.
So che alcuni hanno avuto problemi ad usare l'interfaccia di NikonScan in Photoshop, quindi � inutile fare i conti senza l'oste...
Per ora sono altri i problemi.
Il formato lo scegli solo quando salvi il file.
Li salvi tutti in una volta? Dovrai comunque usare NikonScan in un'applicazione host che ti consenta di farlo.
Perch� 1280 x 768 quando il formato 35 mm � 1280 x 853 e quello video � 1280 x 1024? Le tagli tutte allo stesso modo?
Perch� il formato JPEG se non sono unicamente per internet?
Si paga tanto

per un pizzico di qualit� in pi� per poi ridursi al formato JPEG?
L'accettabilit� del degrado effettuato dal JPEG non dipende solo dalla scelta della compressione, ma anche dal campionamento del chroma.
E questo subsampling lo farai con questo "grande e onnipresente" Photoshop? Provaci ! !
Salvando in TIFF salvi anche i dati di scansione ed altri dati senza degradare l'immagine.
Quella risoluzione � troppo grande per internet, dovrai comunque effettuare un resizing. Lo farai batch?
Dopo che il file � stato degradato dal JPEG e risalvandolo lo degradi ancora di pi�?
E le immagini con inquadrature verticali in che formato saranno? E farai il resizing batch insieme a quelle orizzontali?
O lasci lo stesso formato e quando devi vedere le verticali le ruoti di 90�,
cos� sul monitor... le vedi a mezzo busto, formato tessera !
Credo di averti dato abbastanza argomenti su cui meditare.
Buona meditazione !